在分公司工作期间工资由总公司发放，若拖欠工资，申请仲裁的法律依据主要涉及劳动关系主体的认定。《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条规定：“劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同；未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。”在分公司工作，工资由总公司发放的情况下，若分公司已依法取得营业执照或登记证书，则分公司具有用人单位资格，可作为仲裁被申请人；若分公司未取得相关证照，则总公司作为用人单位，是仲裁被申请人。因此，申请仲裁时应根据分公司是否取得营业执照或登记证书来确定被申请人，进而向相应的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
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在分公司工作期间工资由总公司发放，若拖欠工资，申请仲裁时存在一些特殊情况或例外情形会影响处理。1.分公司与总公司存在混同用工情形：如果分公司和总公司在人员、业务、财务等方面存在混同，难以区分劳动关系主体，此时可能需要将分公司和总公司作为共同被申请人申请仲裁。这种情况下，仲裁委员会需要对混同用工的事实进行认定，增加了案件处理的复杂性。2.总公司与分公司不在同一地区：若总公司所在地与劳动合同履行地（分公司所在地）不同，劳动者可以选择向其中一个地区的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。不同地区的仲裁委员会在案件处理流程、标准等方面可能存在差异，会影响仲裁的效率和结果。3.存在劳务派遣等特殊用工形式：如果劳动者是通过劳务派遣到分公司工作，工资由总公司发放，此时劳动关系可能存在于劳动者与劳务派遣单位之间，申请仲裁时需要以劳务派遣单位为被申请人，而非分公司或总公司。这种情形下，劳动关系主体的认定更为复杂，需要结合劳务派遣协议等证据来确定。
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在分公司工作期间工资由总公司发放，若遭遇拖欠工资，申请仲裁的对象需根据具体情况确定。在分公司工作期间工资由总公司发放，若拖欠工资，一般可向总公司所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。1.若分公司依法取得营业执照或者登记证书：此时分公司具有用人单位主体资格，劳动者与分公司签订劳动合同，即使工资由总公司发放，也可将分公司列为被申请人。2.若分公司未依法取得营业执照或者登记证书：则分公司不具备独立的用人单位主体资格，劳动者只能以总公司为被申请人申请仲裁。3.若劳动合同明确约定用人单位为总公司：即使实际在分公司工作，工资由总公司发放，也应向总公司所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
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在分公司工作期间工资由总公司发放，若拖欠工资，申请仲裁可能会面临以下法律风险点。1.证据不足风险：若无法提供充分证据证明与用人单位存在劳动关系及工资拖欠事实，仲裁请求可能不被支持。例如，劳动者仅口头主张在分公司工作、工资由总公司发放，但没有劳动合同、工资流水等书面证据，仲裁委员会难以认定劳动关系和拖欠工资的事实。2.主体认定错误风险：错误确定被申请人，导致仲裁申请被驳回或无法执行。比如，分公司已取得营业执照，劳动者却以总公司为唯一被申请人申请仲裁，而总公司以与劳动者无直接劳动关系为由抗辩，可能导致仲裁请求无法得到支持。

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